Menzione differente di fonti tre annessi separati a mainbuilding, due di cui, lo Skevophylakion (il Ministero del Tesoro) e il Baptisterion (il Baptistry) ancora si levano in piedi. Il terzo era il Patriarchate, che è stato costruito lungo la parete del sud della chiesa. Nessun delle relative rovine sono rimasto.

Il Ministero del Tesoro, recentemente scavato da questo autore, è un nordest circolare della costruzione di Hagia Sophia. I contrafforti costruiti intorno esso completamente lo hanno separato dalla chiesa. Durante l'era del Ottoman, un portello è stato aggiunto dal lato nordico per permettere il relativo uso come deposito delle disposizioni per la chiesa. Durante l'era Byzantine, i relics sacred sono stati immagazzinati ed il pane ed il vino santi sono stati preparati qui.

Il Baptistry, a destra dell'entrata principale di Hagia Sophia, era il baptistry più importante a Byzantium. La costruzione è quadrata sull'esterno ed octagonal sulla parte interna ed ha un narthex dal relativo lato occidentale. Dopo che la chiesa sia convertita in mosque, il baptistry è stato utilizzato per immagazzinare gli olii per le lampade dell'olio (Kandil) del mosque. Più successivamente, il contenitore di marmo colossal per il baptismal è stato spostato verso il courtyard nordico ed il baptistry è stato convertito in mausoleum. Sultan Mustafa I e Sultan Ibrahim sono stati sepolti qui.